La historia es sobre una chica llamada Kobato Hanato, quien tiene un perro de peluche llamado Ioryogi, que por lo que se ve esta vivo pero este hecho nada mas se lo muestra a ella. Nuestra protagonista tiene una botella que al parecer tiene que llenar con los corazones rotos que ella ha sanado para cumplir su deseo.

Ella junto con Iryogi (quien siempre anda regañandola por su poco sentido poco común y aún más poco equilibrio al caminar XD) buscan personas a las cuales puedan sanar su corazón, pero Kobato a pesar de ser muy dulce auyenta a las personas por ser tan directa U_U'.

En el camino van conociendo a personas, una de ellas es Fujimoto, un chico con un pasado misterioso y que piensa que Kobato es una mala persona, pero eso poco a poco cambia cuando Kobato entra a trabajar en el Pre-escolar de la profesora Sayaka, quien se ve que tiene in gran problema y a quien Kobato promete curar su corazón